Relacje katalogowe

Obsługiwane urządzenia

BioLector Agent jest aplikacją firmy m2p-labs / Beckman Coulter, która pośredniczy pomiędzy mikrobioreaktorem BioLector XT a RoboLector Agent w zrobotyzowanym stanowisku BioLector XT–Biomek i-Series. Program działa w tle podczas eksperymentu, odczytuje stan mikrobioreaktora i umożliwia RoboLector Agent jego zdalne sterowanie. Przy każdym starcie pobiera z urządzenia listę protokołów, zainstalowane moduły filtrów i ustawienia kalibracyjne.

Instrukcja integracji D06915AA ze stycznia 2024 r. dokumentuje BioLector Agent 1.10. Ekran programu pokazuje wersję, stan połączenia, bieżące parametry środowiskowe, stan eksperymentu, protokół, numer cyklu i log. Osobny ekran konfiguracji przechowuje adres IP BioLector XT oraz cztery katalogi robocze w C:\ProgramData\BioLector Agent.

Najważniejsze dane

Pole Wartość
Producent Beckman Coulter GmbH / m2p-labs
Udokumentowana wersja BioLector Agent 1.10
Dokument odniesienia PN D06915AA, wydanie początkowe 1/2024
Model pracy aplikacja Windows działająca w tle na hoście integracji
Urządzenie końcowe BioLector XT Microbioreactor
Aplikacja nadrzędna RoboLector Agent 1.8.3 w udokumentowanym zestawie
Konfiguracja połączenia adres IP BioLector XT
Dane synchronizowane przy starcie lista protokołów, zainstalowane moduły filtrów i ustawienia kalibracyjne
Katalog wyniku tymczasowego C:\ProgramData\BioLector Agent\Result
Katalog wymiany C:\ProgramData\BioLector Agent\Exchange
Katalog konfiguracji C:\ProgramData\BioLector Agent\Config
Katalog roboczy C:\ProgramData\BioLector Agent\Working
Rejestrowanie log systemowy, użytkownika i błędów; eksport logu i ustawień
Licencja kod obiektowy, licencja niewyłączna do użytku wewnętrznego
Zabezpieczenie licencji dongle wymagany do pełnych funkcji pakietu Agent; pierwsza licencja obejmuje klucz
Powiązany model w katalogu RoboLector XT jako zintegrowane stanowisko BioLector XT–Biomek

Wersja i zakres produktu

Historia rewizji instrukcji D06915AA wskazuje dwie wersje składające się na opisane środowisko: BioLectorAgent 1.10 oraz RoboLectorAgent 1.8.3. Dokument stosuje zapis bez spacji w historii wersji i zapis BioLector Agent w tekście oraz interfejsie. Obie formy oznaczają ten sam program.

Agent jest składnikiem pakietu integracyjnego, a nie alternatywą dla BioLection. Poszczególne programy mają rozdzielone role:

Składnik Rola
BioLection tworzy protokół BioLector XT i przesyła go do urządzenia
BioLector Agent synchronizuje stan urządzenia i umożliwia RoboLector Agent zdalne sterowanie mikrobioreaktorem
RoboLector Agent ocenia wyzwalacze, uruchamia protokół i koordynuje działania ciekłoprocesowe
Biomek Software wykonuje metodę robota i operacje pipetowania
Bioreactor SILAS module integruje BioLector XT z warstwą urządzeń Biomek

W katalogu BioLector Agent jest przypisany do m2p-labs RoboLector XT, ponieważ udokumentowany Agent 1.10 pracuje w zintegrowanym stanowisku robotycznym. BioLector XT jest fizycznym urządzeniem końcowym tej architektury.

Architektura komunikacji

Agent tworzy wąski, ale krytyczny mostek pomiędzy warstwą pomiarowo-sterującą BioLector XT a logiką automatyzacji RoboLector Agent. Host wskazuje urządzenie przez adres IP. Po uruchomieniu aplikacja pobiera aktualną listę protokołów, filtrów i kalibracji, a następnie udostępnia je RoboLector Agent.

W trakcie eksperymentu przepływ ma następującą postać:

  1. BioLector XT kończy cykl pomiarowy obejmujący np. biomasę, pH i DO.
  2. BioLector Agent przekazuje sygnały online do RoboLector Agent.
  3. RoboLector Agent sprawdza warunki wyzwalaczy.
  4. Przy spełnieniu warunku RoboLector Agent wysyła przez Agenta polecenie pauzy do BioLector XT.
  5. Biomek wykonuje operacje ciekłoprocesowe opisane przez pliki handshake.
  6. RoboLector Agent wysyła polecenie kontynuacji, a BioLector XT przechodzi do następnego cyklu.

BioLector Agent nie podejmuje decyzji o progu wyzwalacza. Dostarcza stan i kanał sterowania. Błąd, opóźnienie albo nieaktualna synchronizacja w tej warstwie może jednak wpłynąć na to, jaki protokół i zestaw kalibracji widzi aplikacja nadrzędna.

Synchronizacja przy starcie

Każdy start BioLector Agent uruchamia pobieranie trzech klas danych:

  • listy protokołów zapisanych w podłączonym BioLector XT;
  • listy zainstalowanych modułów filtrów;
  • ustawień kalibracyjnych urządzenia.

Instrukcja wiąże świeżość tego zestawu z cyklem życia procesu Agenta. Zmiany protokołów, filtrów lub kalibracji wykonane po starcie aplikacji stają się dostępne w RoboLector Agent po ponownym uruchomieniu BioLector Agent. To zachowanie pozwala jednoznacznie ustalić moment snapshotu, z którego korzysta eksperyment.

W praktycznej ewidencji należy zapisać:

Dane Moment utrwalenia
wersja BioLector Agent przed startem eksperymentu
adres IP BioLector XT po otwarciu Configure Agent Settings
lista protokołów po starcie Agenta
filtry i kalibracje po starcie Agenta
wersja wybranego protokołu przy inicjalizacji w RoboLector Agent
czas startu każdego programu BioLector Agent, RoboLector Agent i Biomek oddzielnie

Konfiguracja IP i katalogów

Ekran Configure Agent Settings zawiera pięć wartości. Instrukcja prezentuje adres 192.168.99.190 jako przykład konfiguracji BioLector XT oraz cztery domyślne ścieżki:

Pole interfejsu Wartość pokazana w instrukcji Funkcja
BioLector IP 192.168.99.190 adres mikrobioreaktora, z którym łączy się Agent
Temporary File Directory C:\ProgramData\BioLector Agent\Result pliki wynikowe tworzone podczas wymiany
Exchange Directory C:\ProgramData\BioLector Agent\Exchange katalog wymiany danych
BioLector Configuration Directory C:\ProgramData\BioLector Agent\Config konfiguracja urządzenia pobrana lub używana przez Agenta
Working Directory C:\ProgramData\BioLector Agent\Working bieżące artefakty robocze

Konfiguracja BioLector Agent 1.10

Źródło: Beckman Coulter, „BioLector XT Microbioreactor / Biomek i-Series Automated Workstation Integration Manual”, PN D06915AA, PDF strona 32, drukowana strona 2-4. Ekran pokazuje przykładowy adres urządzenia i cztery ścieżki programu.

Ścieżki w ProgramData są częścią stanu aplikacji. Kopia samego pliku wykonywalnego nie zachowuje pobranego snapshotu konfiguracji, plików wymiany ani wyników roboczych. Uprawnienia NTFS do tych katalogów wpływają na to, które procesy i konta hosta mogą zmieniać dane Agenta.

Ekran główny i telemetria

Ekran BioLector Agent 1.10 grupuje dane w trzy obszary: stan BioLector, ustawienia i kontrolę Agenta oraz log. Widoczne pola BioLector obejmują:

  • Connection;
  • State;
  • Shaker Frequency [rpm];
  • Temperature [°C];
  • Humidity [%];
  • O2 [%];
  • CO2 [%];
  • Cover;
  • Experiment State;
  • Protocol;
  • Elapsed Experiment Time;
  • Next Cycle in;
  • Cycle Number.

Ekran główny BioLector Agent 1.10

Źródło: Beckman Coulter, instrukcja integracji PN D06915AA, PDF strona 31, drukowana strona 2-3. Nagłówek okna identyfikuje wersję 1.10; widoczne są telemetria, kontrola Agenta i System Log.

Panel Agent Controls pokazuje Agent State i udostępnia Pause BioLector Agent oraz Reset BioLector Error. Panel Settings prowadzi do konfiguracji i widoku Agent Neighborhood. Z punktu widzenia analizy zdarzeń wartości z ekranu są snapshotem, a log jest sekwencją komunikatów.

Logi i eksport ustawień

System Log rozdziela trzy klasy komunikatów:

  • system messages;
  • user messages;
  • error messages.

Interfejs udostępnia Export Log and Settings oraz Clear Log. Eksport łączy materiał diagnostyczny ze stanem konfiguracji, dlatego jest podstawowym artefaktem przed czyszczeniem logu, restartem aplikacji albo resetem błędu BioLector.

Analiza powinna zachować:

  1. oryginalny eksport programu;
  2. SHA-256 i czasy pliku;
  3. zrzut widocznych filtrów logu;
  4. stan połączenia i Agenta;
  5. wersję 1.10 z belki okna;
  6. czasy systemowe hosta, BioLector XT i stanowiska Biomek;
  7. kopię czterech katalogów roboczych.

Przycisk Clear Log zmienia materiał dostępny w interfejsie. Obecność tej funkcji uzasadnia regularny eksport i zewnętrzną retencję logów dla stanowisk o znaczeniu dowodowym lub produkcyjnym.

Kolejność uruchamiania

Producent dokumentuje następującą kolejność:

  1. utworzyć protokół w BioLection i wysłać go do BioLector XT;
  2. skonfigurować wyzwalacze w RoboLector Agent;
  3. uruchomić BioLector Agent i pozostawić go w tle;
  4. uruchomić RoboLector Agent;
  5. uruchomić Biomek Software;
  6. otworzyć i uruchomić metodę Biomek_XT_Imports;
  7. przejść do oczekiwania na pliki handshake;
  8. wybrać protokół obecny na BioLector XT i uruchomić eksperyment.

Kolejność decyduje o tym, jaki zestaw protokołów i kalibracji trafia do RoboLector Agent. W instrukcji błędna sekwencja jest powiązana ze stanem disconnected, brakiem świeżo utworzonego protokołu na liście i możliwością użycia niewłaściwych ustawień eksperymentu.

Relacja z RoboLector Agent

RoboLector Agent jest klientem logiki udostępnianej przez BioLector Agent. Po zakończeniu cyklu pomiarowego otrzymuje sygnały online, porównuje je z progami i decyduje o wykonaniu wyzwalaczy. BioLector Agent przenosi następnie polecenia pauzy, kontynuacji oraz stan urządzenia.

Najważniejsze dane przechodzące przez tę granicę obejmują:

Kierunek Dane lub polecenie
BioLector XT → BioLector Agent protokoły, filtry i kalibracje przy starcie
BioLector XT → BioLector Agent → RoboLector Agent sygnały online i stan cyklu
RoboLector Agent → BioLector Agent → BioLector XT start protokołu, pauza i kontynuacja
host → BioLector Agent adres IP i lokalizacje katalogów

Ta granica odpowiada za sterowanie wieloma równoległymi studzienkami. Błąd mapowania urządzenia lub połączenie z innym adresem IP może skierować aplikację nadrzędną do innego mikrobioreaktora niż fizycznie zintegrowany z robotem.

Relacja z BioLection

BioLection jest źródłem protokołu. Operator tworzy konfigurację, zapisuje ją i przesyła do BioLector XT. BioLector Agent pobiera listę już obecną na urządzeniu. Dzięki temu RoboLector Agent wybiera protokół z perspektywy podłączonego mikrobioreaktora, a nie wyłącznie z katalogu komputera BioLection.

Dla spójności eksperymentu należy zachować trzy reprezentacje:

  • plik lub eksport protokołu z BioLection;
  • kopię aktywną na BioLector XT;
  • nazwę i stan odczytany przez BioLector Agent przy jego starcie.

Porównanie tych artefaktów pozwala odtworzyć, czy ostatnia edycja została rzeczywiście wysłana do urządzenia przed uruchomieniem Agenta.

Pliki i backup

Cztery katalogi konfiguracyjne wyznaczają minimalny zakres logicznego backupu. Kopię należy wykonywać spójnie względem procesu Agenta i aktywnego eksperymentu, ponieważ pliki Result, Exchange i Working mogą się zmieniać w trakcie wymiany.

Minimalny zestaw odtworzeniowy obejmuje:

Składnik Cel
Result zachowanie plików wynikowych tworzonych przez Agenta
Exchange rekonstrukcja wymiany pomiędzy składnikami
Config adres i konfiguracja BioLector używana przez Agenta
Working analiza bieżącego stanu roboczego
eksport logu i ustawień korelacja zdarzeń z konfiguracją
instalacja programu odtworzenie wersji 1.10 i zależności
protokoły i kalibracje odtworzenie snapshotu pobranego z BioLector XT
wersja RoboLector Agent zgodność pary 1.10/1.8.3 opisanej instrukcją

Odtworzenie powinno być testowane z kontrolowanym BioLector XT i kopią konfiguracji. Uruchomienie samego GUI potwierdza obecność aplikacji, ale pełny test obejmuje pobranie protokołów/filtrów/kalibracji, przekazanie sygnału do RoboLector Agent oraz sterowaną pauzę i kontynuację.

Licencja i dongle

EULA dołączona do instrukcji D06915AA obejmuje programy związane z BioLector Agent i RoboLector Agent. Beckman udziela niewyłącznej, nieprzenoszalnej i niesublicencjonowalnej licencji na kod obiektowy oraz dokumentację, do użytku zgodnego z instrukcjami i dla wewnętrznych celów biznesowych.

Pełne funkcje programu są powiązane z fizycznym donglem. Pierwszy zakup licencji obejmuje klucz wysyłany klientowi. Umowa wyróżnia użycie ewaluacyjne lub offline, w którym pełny zakres funkcji nie musi być aktywny. Stan dongla i entitlement należy ewidencjonować razem z wersją Agenta oraz dokumentem dostawy.

Licencja ogranicza analizę źródła i dystrybucję programu. Operacyjna kopia instalatora, dokumentów i klucza powinna pozostawać w kontrolowanym archiwum organizacji, zgodnie z umową i procedurą odtworzeniową.

Bezpieczeństwo hosta

Host Agenta ma możliwość przesyłania poleceń sterujących do mikrobioreaktora i udostępniania danych RoboLector Agent. Ochrona stanowiska powinna obejmować:

  • jawne reguły ruchu pomiędzy hostem i adresem BioLector XT;
  • ograniczone prawa zapisu do C:\ProgramData\BioLector Agent;
  • kontrolę zmian adresu IP i lokalizacji katalogów;
  • ewidencję dongla jako autoryzowanego urządzenia USB;
  • wersjonowanie instalacji oraz eksportów ustawień;
  • retencję logów poza hostem;
  • kontrolę autostartu i kolejności programów;
  • synchronizację czasu z Biomek i urządzeniem;
  • monitorowanie procesu Agenta i stanu Connection;
  • test zgodności po aktualizacji Windows lub pakietu integracyjnego.

Katalog Exchange jest granicą danych pomiędzy składnikami. Zapis do niego przez inne konto lub proces może zmienić stan widziany przez Agenta. ACL, audyt dostępu do plików i kontrola aplikacji są w tym miejscu równie istotne jak filtracja ruchu sieciowego.

Znaczenie operacyjne stanów i kontrolek

Pause BioLector Agent zatrzymuje działanie warstwy pośredniczącej, a Reset BioLector Error wysyła operację dotyczącą stanu błędu urządzenia. Te funkcje powinny być korelowane z logiem, numerem cyklu i stanem RoboLector Agent. Wciśnięcie kontrolki podczas aktywnego procesu może zmienić przebieg komunikacji nawet wtedy, gdy Biomek nadal działa.

Pola Connection, State, Experiment State, Protocol, Next Cycle in i Cycle Number pozwalają rozróżnić kilka klas zdarzeń: utratę połączenia, zatrzymanie protokołu, oczekiwanie na kolejny cykl, błąd urządzenia i pauzę warstwy Agent. Zrzut całego okna jest bardziej wartościowy niż pojedynczy komunikat, ponieważ zachowuje te stany jednocześnie.

Akwizycja i baseline

  1. Zarejestrować wersję z belki okna i wersje plików EXE/DLL.
  2. Wyeksportować log i ustawienia przed resetem błędu, czyszczeniem logu albo restartem.
  3. Sfotografować stan połączenia, protokół, numer cyklu i parametry środowiskowe.
  4. Zapisać adres IP BioLector XT oraz tablice ARP i reguły zapory hosta.
  5. Skopiować Result, Exchange, Config i Working z zachowaniem czasów i ACL.
  6. Obliczyć SHA-256 plików programu, konfiguracji, protokołów i kalibracji.
  7. Zarejestrować numer dongla, aktywne funkcje oraz dokument licencyjny.
  8. Powiązać czasy startu BioLector Agent, RoboLector Agent i Biomek Software.
  9. Zachować kopię protokołu z BioLection i identyfikator urządzenia, na które został wysłany.
  10. Przetestować odtworzenie w wydzielonym środowisku z kontrolnym mikrobioreaktorem.

Materiały źródłowe